La struttura organizzativa dell'ente è suddivisa in base alle competenze e ai servizi erogati.
A norma della LR 79/2012 e dello Statuto Consortile, la struttura operativa e tecnico amministrativa dell’Ente è affidata al Direttore Generale, che viene nominato, sentita l’assemblea consortile, dal Presidente del Consorzio di Bonifica, d’intesa con il Presidente della Giunta Regionale.
L’incarico ha durata di cinque anni.
Il direttore generale è il dottor Francesco Lisi.

Dottor Francesco Lisi, Direttore Generale
La struttura, altamente qualificata e specializzata, che opera all’interno dell’ente, è suddivisa in due aree operative, ciascuna delle quali affidata a un dirigente:
- area tecnica: ingegner Matteo Isola
- area amministrativa: dottoressa Beatrice Caneschi

L’organizzazione della struttura dell’ente
L’area tecnica è suddivisa a sua volta in due aree operative: difesa idrogeologica (caposettore: ingegner Serena Ciofini) e irrigazione (caposettore: ingegner Lorella Marzilli)
Anche l’area amministrativa si articola in due aree operative: giuridico-legale (caposettore: dottoressa Beatrice Caneschi) e contabilità e bilancio (caposettore: dottor Federico Cioni)
- Beatrice Caneschi, Dirigente Area Amministrativa
- Ing. Ph.D. Matteo Isola, Dirigente Area Tecnica
- Federico Cioni, capo settore area contabile
- Serena Ciofini, capo settore difesa idrogeologica
- Lorella Marzilli, capo settore irrigazione